Saaristomeren luonto on monimuotoinen, mutta siihen kohdistuu myös monenlaisia uhkia. Itämeren, ja sitä kautta myös Saaristomeren ravinnekuormitus, saariston ympäristön muuttuminen ja perinneympäristöjen katoaminen, ilmaston lämpeneminen ja biodiversiteetin väheneminen ovat merkittävimpiä Saaristomeren luonnon uhkia.
Itämeren saastuminen
Saaristomeri on osa Itämerta, joka sijaitsee usean eri valtion laskualueella, ja sen ravinnekuormitus on suuri. Itämeri on myös herkkä ekosysteemi, ja saastuminen voi olla peruuttamatonta. Ravinnekuormitus aiheuttaa rehevöitymistä, josta monelle tuttu esimerkki ovat sinilevälautat. Lisäksi rehevöityminen lisää sisäistä kuormitusta, joka pahentaa pohjan happikatoa.
Saariston ympäristöjen muuttuminen
Saaristoon on vakiintunut tietty ympäristö muun muassa perinneympäristöjen muodossa
. Tämä on alueen lajiston kannalta elinehto, ja mikäli saariston ympäristö muuttuu, myös monet sen lajit tulevat katoamaan. Saariston ympäristöä muuttavat myös liiallinen turismi, erityisesti laivaliikenteen aiheuttamat päästöt ja myös liiallinen rakentaminen saariston alueelle.
Ilmastonmuutos ja biodiversiteetin väheneminen
Ilmastonmuutos on globaali ongelma, joka näkyy myös Saaristomeren alueella. Meriveden lämpeneminen lisää rehevöitymistä ja sinileväkukintoja, mikä puolestaan vaikuttaa muun muassa lintujen pesintään ja tiettyjen kalalajien lisääntymiseen ja toisaalta toisten häviämiseen. Monimuotoisuuden vähenemisen myötä myös ravintoverkot ja ekosysteemin tasapaino kärsivät, mikä on erityisen merkittävää saaristossa, sillä saaret eivät ole yhtä laajasti vuorovaikutuksessa muiden ekosysteemien kanssa kuin mantereen ekosysteemit, ja ne ovat herkkiä ulkoisille häiriöille.
