Saaristo on poikkeava ympäristö, ja se on koti monelle lajille, joita ei välttämättä tapaa mantereella laisinkaan. Toisaalta monet mantereen lajit eivät selviä saaristossa erilaisten olosuhteiden vuoksi. Huolimatta siitä, että saaristo on melko karu ympäristö ja sitä ympäröi suolavesi, on luonto poikkeuksellisen monimuotoista, ja saaristossa esiintyy runsaasti elämää vuoden ympäri.
Perinnemaisemat ovat uhanalaisia
Osa saariston maisemasta on ihmisen muokkaamaa perinnemaisemaa. Tämä maisema on syntynyt aikana, jolloin maatalous on ollut vielä pienimuotoista ja vähemmän teollistunutta. Perinneympäristöjen maisemia ovat muun muassa erilaiset laidunmaat ja niityt sekä niittämällä huolletut tiheät kasvustot. Monet Suomen uhanalaisista lajeista ovat perinneympäristöjen lajeja, ja niiden suojelemiseksi onkin ryhdytty toimiin, joiden avulla näitä perinneympäristöjä pyritään pitämään yllä.
Perinnemaisemia ei juurikaan ole saariston ulkopuolella, mikä selittää osiltaan sitä, että niiden lajeja ei myöskään esiinny mantereella. Saaristomeren alueella 
on useita järjestöjä, jotka pyrkivät talkoovoimin edistämään perinneympäristöjen oloja. Nämä järjestöt muun muassa niittävät ja kulottavat alueita, joilla on aiemmin esiintynyt perinteistä maataloutta. Ihmiset voivat antaa myös omien lehmiensä laiduntaa perinneympäristöissä.
Perinneympäristöistä hyötyvät erityisesti erilaiset hyönteiset ja päiväperhoset, mutta myös monet kasvit, jotka vaativat ympäristössään runsaasti valoa ja tilaa. Saariston monet nisäkkäätkin ovat tottuneet jollain tavoin hyödyntämään perinneympäristöjä esimerkiksi pesäpaikkoinaan ja ravintonaan.
Runsaasti erilaisia lintuja, kaloja ja nisäkkäitä
Saaristo on kotipaikka monelle eläinlajille, ja siellä esiintyy erityisen runsaasti lintuja, jotka käyttävät saaristoa joko väliaikaisena levähdyspaikkana, tai pysyvänä pesimäalueena. Saaristomeren kansallispuistossa on mahdollista nähdä myös uhanalaisia lintulajeja. Nisäkkäitä saaristossa on 25 eri lajia, joista suurin osa on pienjyrsijöitä. Saaristomerellä on myös runsaasti eri kalalajeja, jotka viihtyvät matalammissa rannikkovesissä tai syvemmillä alueilla ulkosaariston lähettyvillä.
